В 1612 году на город напали литовско-польские интервенты во главе с гетманом Жолковским.
Они ворвались в Курск, устроив в нём жестокую резню, однако курянам удалось отбить натиск врага, закрепившись в малом остроге. Выгнав за городские ворота польско-литовские войска, куряне героически выдержали оборону. После чего они исполнили данное во время осады обещание построить в честь иконы Знамения Богородицы Курской Коренной, пребывавшей в то время в Москве в царских палатах, монастырь. И к 1615 году монастырь был уже построен.
Однако в советское время в 1924 году Знаменский монастырь был закрыт. Постройки понесли значительный урон, особенно – Знаменский собор. Подобное уже было в 19 веке. Тогда духовные власти, проводя очередную реконструкцию, неудачно перестроили северный фасад здания, в результате чего первоначально гармоничный архитектурный облик постройки был сильно обезображен.
Позже, уже в 1930-е годы, когда в помещении храма обустраивали кинотеатр, у Знаменского собора были снесли парные колокольни вместе с угловыми куполами, только благодаря освещению в прессе этого варварства удалось уберечь от сноса центральный купол храма.
Более 50 лет здание Знаменского собора служило в качестве самого крупного в Курске кинотеатра. И лишь в 1992 произошла передача собора в лоно церкви и возвращение его Знаменского монастырю. С тех пор здание Знаменского собора постепенно восстанавливается.